Структурата на КСС е поставена врз принцип според кој членството, а не синдикалното раководство, е движечката сила на Конфедерацијата. Единствено членството има целосното право да ги донесува клучните одлуки преку легитимно избраните органи во основните синдикални организации. Имаме структура каде решенијата и заклучоците се донесуваат во потполна консултацијата со базата, и се донесуваат со одлуки по хоризонтала и вертикала. КСС е Синдикат кој својата сила ја црпи исклучиво од членството.    

Конфедерацијата ги има следните тела и органи:

Конгрес, највисокиот орган на КСС, Конференција (највисокиот орган на КСС помеѓу два Конгреса), Централен одбор (извршниот орган на КСС), Надзорен одбор и Статутарна Комисија.

Финансирањето на КСС се базира на членарина која не смее да изнесува повеќе од 10% од членарината на работниците/основните синдикални организации. Ваквата поставеност се должи на флексибилниот административен апарат кој не бара мегаломанска вработеност на персонал за потребите на КСС.

Претседател на КСС е Раско Мишкоски, избран на последниот Конгрес на КСС во Ноември 2007 год.